O Curso de Doutorado do Programa de Pós-graduação em Imunologia e Parasitologia Aplicadas foi recomendado pelo Conselho Técnico Consultivo da CAPES em 25 de maio de 2000, com início de suas atividades no segundo semestre do mesmo ano. Ao curso de doutorado poderão candidatar-se graduados portadores de diploma universitário na área biomédica ou áreas afins, em cujos currículos constem as disciplinas de Imunologia e Parasitologia. O título de Mestre não é pré-requisito para o ingresso no Curso de Doutorado, desde que o candidato apresente maturidade científica.